Les principaux avantages liés à l'utilisation de l'EDI sont la réduction des coûts et des délais d'envoi de documents, ainsi qu'une possibilité de traitements automatisés. Cette automatisation des procédures commerciales concerne beaucoup d'entreprises et notamment les grandes entreprises passant un nombre important de commandes. Ceci est particulièrement vrai dans la grande distribution, en effet, les centrales d'achat (Casino, Carrefour, Auchan, …) privilégient de plus en plus l'usage de l'EDI avec leurs fournisseurs pour le passage des commandes, le retour des avis d'expédition et des factures. De plus, l'EDI est amené à être un maillon fort de la Supply Chain qui consiste à rajouter au flux physique (fabrication, approvisionnement de pièces), un flux logique, de l'achat des matières premières, jusqu'à la vente au client en passant par la gestion des stocks.